Посмотрим в PyMol

image.png

Посмотри 64 молекулы

image.png

Посмотрим изменение силы

Fmax=4.37970e+05

Fmax=6.16887e+02

Переформатируем в pdb

Посмотрим b_pr

image.png

И теперь b_s

image.png

В целом, существенной разницы нет, возможно, есть небольшая разница в количество и положениях молекул воды.

Теперь посмотрим результат моделирования

Попробуем второй способ визуализации

Посмотрим, что получилось

Видим, что довольно быстро, уже в районе 20 кадра образуется бислой.

Прочитаем результат и построим результат с учётом того, что нормалью к поверхности является ось X

Как видно по графику, нормализованная площадь падает со временем, это значит, что действительно происходит сборка липидного слоя.

Теперь построим график изменения гидрофобной и гидрофильной поверхности

Видим, что площадь гидрофобных поверхностей падает быстрее, чем площадь гидрофильных, это ожидаемо, так как в процессе сборки липидного слоя молекулы поворачиваются гидрофобными частями внутрь слоя, так как контакты гидробочных поверхностей с молекулами воды энергетически невыгодны. Площадь гидрофильных поверхностей тоже немного падает за счёт компактификации струкруры.

Теперь посмотрим на изменение меры порядка.

Видим, что порядок в результате сборки в конце увеличилась мера порядка, это значит, что в результате сборки структура стала более упорядоченной.